A equipe brasileira foi derrotada pelo placar de 1 a 0. O único gol do jogo saiu através de Duque, aos 13 minutos do segundo tempo. Com isso, a decisão da vaga para a terceira fase foi para as penalidades máximas.
O Atlético havia ganho o jogo de ida pelo mesmo placar. Nos pênaltis, o Millonarios acabou errando duas vezes e os brasileiros saíram vencedores por 4 a 2. Na terceira fase eliminatória o rubro-negro encara o vencedor do duelo entre Deportivo Capiatá e Universitario.